Un reciente estudio ha sacudido el optimismo en torno a los trasplantes de microbiota fecal (FMT, por sus siglas en inglés), una técnica que en los últimos años ha atraído atención como posible tratamiento para diversas enfermedades digestivas, inmunológicas e incluso mentales. El análisis revela que los efectos beneficiosos de estos trasplantes son más efímeros de lo que se pensaba, y plantea importantes dudas sobre la seguridad, la estandarización y la durabilidad de los tratamientos. Este artículo examina los hallazgos clave del estudio, repasa el estado actual de las terapias FMT y reflexiona sobre las implicaciones para el futuro de la medicina basada en el microbioma.

La promesa inicial del trasplante fecal

Durante la última década, el trasplante de microbiota fecal ha despertado un considerable entusiasmo en el mundo médico y científico. La idea es sencilla en teoría pero compleja en la práctica: transferir microorganismos intestinales sanos de un donante a un receptor con el fin de restaurar el equilibrio de su microbioma. Esta técnica ha demostrado una alta tasa de éxito en casos de infección recurrente por Clostridioides difficile, donde los antibióticos convencionales suelen fracasar. De hecho, estudios anteriores muestran que la eficacia en este contexto alcanza tasas de curación superiores al 85 %.

Más allá de eso, el FMT se ha explorado como tratamiento experimental para enfermedades inflamatorias intestinales (como la colitis ulcerosa), el síndrome del intestino irritable, la enfermedad de Crohn, e incluso para afecciones neurológicas como el autismo o la depresión. Sin embargo, el nuevo estudio, liderado por investigadores del Netherlands Institute for Neuroscience y la Charité de Berlín, pone en cuestión la solidez de estas promesas.

Un análisis meticuloso desinfla las expectativas

El metaanálisis publicado en Cell Host & Microbe se basa en una revisión sistemática de 46 estudios controlados aleatorizados sobre FMT en humanos. A través de un enfoque de análisis a nivel de metadatos, los autores evaluaron no solo la eficacia, sino también la consistencia de los efectos a medio y largo plazo. El resultado más destacado es que la mayoría de los efectos beneficiosos se diluyen en cuestión de semanas. En concreto, observaron que las comunidades microbianas introducidas tienden a desaparecer o a ser desplazadas por la flora autóctona del paciente en un plazo inferior a los 60 días.

Además, el estudio detecta una fuerte heterogeneidad entre los resultados, lo que apunta a una falta de estandarización tanto en la selección de donantes como en los procedimientos de preparación y administración. Esto es especialmente preocupante si se tiene en cuenta que el microbioma humano contiene más de 100 billones de microorganismos, cuya composición y función varía enormemente entre individuos.

En términos técnicos, se observó que la similitud taxonómica entre donante y receptor apenas se mantiene a partir de la tercera semana post-trasplante. Las mediciones de alfa-diversidad (riqueza microbiana) aumentan inicialmente, pero tienden a estabilizarse en niveles similares a los previos al tratamiento, lo cual limita el impacto sostenido de la intervención.

¿Son seguros los trasplantes fecales?

Otra conclusión preocupante del estudio es la ausencia de un protocolo global que garantice la seguridad del procedimiento. Aunque existen bancos de heces certificados —como OpenBiome en Estados Unidos—, la variabilidad en la selección de donantes y en la preparación de las muestras sigue siendo un problema sin resolver. La contaminación cruzada, la transmisión inadvertida de patógenos y la activación del sistema inmune son algunos de los riesgos que aún no se han cuantificado del todo.

El estudio pone de manifiesto que tan solo un 28 % de los ensayos analizados registraban eventos adversos graves, pero esta cifra podría estar subestimada debido a la falta de seguimiento a largo plazo. En particular, se ha observado que algunas cepas introducidas pueden activar respuestas inflamatorias en huéspedes con predisposición genética, una variable que raramente se controla de forma rigurosa.

El producto estrella: microbiota como medicina personalizada

Entre las aproximaciones más innovadoras, algunos grupos de investigación y startups biotecnológicas están desarrollando cápsulas de microbiota procesada, como alternativa a los trasplantes directos. Estas cápsulas, liofilizadas y con recubrimiento entérico, buscan ofrecer una forma más segura, controlada y fácil de administrar el tratamiento. Empresas como Rebiotix o Finch Therapeutics han invertido años en perfeccionar la formulación y conservación de estas cápsulas, que ya han sido sometidas a ensayos clínicos de fase II.

En este contexto, destacan productos como RBX2660, que ha mostrado resultados positivos en la prevención de recaídas por C. difficile. Sin embargo, el estudio recién publicado plantea que incluso estas soluciones más refinadas enfrentan las mismas limitaciones estructurales: ausencia de colonización sostenida, escasa predictibilidad y efectos variables según el huésped.

Una vía alternativa en estudio es la edición del microbioma mediante bacterias sintéticas, diseñadas para colonizar nichos específicos del intestino o modular ciertas funciones metabólicas. Esta estrategia, aún en fase preclínica, podría ofrecer una solución más estable y personalizada frente a los trasplantes masivos de microbiota.

Reflexiones y futuro de la medicina basada en microbiota

El nuevo análisis no invalida el trasplante fecal como herramienta terapéutica, pero obliga a repensar su uso como solución universal. La euforia inicial en torno al microbioma humano ha generado expectativas desmesuradas, muchas de las cuales aún no cuentan con evidencia robusta. Como reconocen los propios autores del estudio, “se necesita un replanteamiento crítico del diseño de los ensayos clínicos en este campo”.

La medicina del futuro puede seguir explorando el microbioma como objetivo terapéutico, pero con un enfoque más riguroso, con protocolos estandarizados, análisis genómicos más finos y tratamientos adaptados a la biología del paciente. El reto ahora no es solo colonizar el intestino, sino entender cómo mantener esas nuevas comunidades microbianas de forma funcional y segura.